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Le Laboratoire de Biochimie de l’ESPCI développe des outils combinant séquençage ADN et microfluidique pour l’étude de systèmes biologiques à très haut débit. Le but est du projet est d’établir les relations entre génotype, phénotype et adaptation dans la bactérie Escherichia coli afin de comprendre mécanismes à l’origine de contraintes évolutives. E. coli est un excellent modèle expérimental pour l’évolution (une génération toutes les 20 minutes), l’ingénierie génétique, et biomédicale étant donné son rôle majeur dans la résistance antibiotique.
En fonction du profil du candidat, le projet pourra être orienté vers l’établissement de lois générale entre stress osmotique et croissance (lois biophysiques et application à l’origine des eucaryotes), et/ou les relations entre génotype, transcriptome, et croissance(rôle évolutif de la pléiotropie dans les réseaux de gènes) obtenus grâce à de nouvelles technologies de culture cellulaire et séquençage.
Le projet s’effectuera collaboration avec les équipes d’Olivier Tenaillon (unité Infection AntimicrobialsModelling Evolution, Hopital Bichat, Paris) et de Purification Popez-Garcia (Laboratoire Ecologie Systématique Evolution, Paris Saclay).
Exemples de publications de l’équipe en lien avec le projet :
– Stochasticity of metabolism and growth at the single-cell level, DJ Kiviet, P Nghe, N Walker, S Boulineau, V Sunderlikova, SJ Tans, Nature 514 (7522), 376-379
– Flux, toxicity, and expression costs generate complex genetic interactions in a metabolic pathway, H Kemble, C Eisenhauer, A Couce, A Chapron, M Magnan, G Gautier, P Nghe, O Tenaillon, Science Advances 6 (23), eabb2236
Pour plus de détails, consulter https://nghe.net/
Enseignement (135 heures / an, soit un après-midi par semaine) : encadrement de projets d’élèves en trinôme en biologie à l’interface avec la physique – chimie.
Profil recherché : thèse en biophysique ou microbiologie ou biologie moléculaire. Une pratique préalable de la microfluidique n’est pas indispensable. Techniques mises en œuvre : microfluidique, suivi par microscopie, analyse d’image, modélisation biophysique, biologie moléculaire, bioinformatique. Le candidat devra se former aux aspects interdisciplinaires.
Poste : 1 an d’ATER dès juillet 2021, extensible 1 an et prolongeable en post-doctorat (sans enseignement).
La recherche s’effectuera dans l’équipe de Philippe Nghe, localisée à l’Intitut Pierre-Gilles de Gennes.
Contact :
Ecrire à Philippe.nghe@espci.psl.eu
avec CV, lettre de motivation et 2 lettres de recommandation.